生存曲线（KM + Cox）

一句话：随访表进，Kaplan-Meier 生存曲线 + 风险表 + 单因素 Cox 森林图出——自动 maxstat 最优截点，600 dpi 发表级。

获取本技能 · Get this skill

方式 A —— 一键引导 prompt（推荐）。复制下面这段，粘贴到你的 AI agent IDE：

请帮我安装 Claw2Bio 技能库中的 "survival-curve" 技能：
1. 从 GitHub 仓库 https://github.com/claw2bio/claw2bio 只拉取 figure-generation/survival-curve
   这一个文件夹（用 sparse checkout，不要克隆整库）。
2. 阅读其中的 SKILL.md 并注册该技能。
3. 运行 examples/ 里的示例验证环境，把输出的图给我看。

方式 B —— 独立 zip 包（约 0.3 MB，本站下载）：https://claw2bio.site/downloads/survival-curve.zip

方式 C —— 全量示例数据：已包含在方式 B 包内（同一个压缩包）。

它能做什么

输入一张随访表（至少 3 列：事件 0/1、随访时间、连续 marker），五步流水线：清洗 → surv_cutpoint 找最优截点（maxstat 法，minprop = 0.30，每组 ≥30% 样本）→ KM 曲线 + log-rank + 风险表 → 单因素 Cox HR + 森林图 → 三张统计 CSV。

内置示例（52 例公开教学数据，9 个事件）锚点：截点 39.49，低组 36 人 / 高组 16 人，log-rank p = 0.069，Cox HR（High vs Low）= 3.47（95%CI 0.85–14.11，p = 0.082），marker 每单位 HR = 1.0422。

KM 生存曲线

KM 曲线（蓝 = Low 组、红 = High 组）+ log-rank p + Number-at-risk 风险表，600 dpi PNG + PDF。

Cox 森林图

单因素 Cox 森林图：分组 HR（High vs Low）与连续 marker 每单位 HR，附 95%CI 和 p 值。

方法学警示（必读）：数据驱动截点（data-driven cutoff）会系统性高估组间差异（optimism bias）。论文中必须声明截点的确定方法，最好有独立队列验证；事件数过少（<10）时 Cox 结果不可靠，应只做 KM 或在报告中注明。

快速上手（30 秒）

这是模板脚本，不是 CLI：换数据只改 scripts/survival_curve_template.R 顶部的 CONFIG 块（6 个变量：INPUT_FILE / INPUT_SHEET / COL_EVENT / COL_TIME / COL_MARKER / 可选 MIN_PROP、PALETTE、TIME_UNIT），然后：

bash

cd figure-generation/survival-curve
Rscript scripts/survival_curve_template.R

Windows 直接跑，无 WSL 依赖；需要 R ≥ 4.2（实测 4.5.2）及 survival / survminer（≥0.5）/ readxl / dplyr。

跑完对照 ANCHOR 行自查：截点应在 marker 值域内、两组人数均 ≥30%。

输入格式

xlsx 或 csv，至少 3 列：事件（0/1）、随访时间、连续 marker；其余列（如患者 ID）自动忽略。
'?' 和空值自动转 NA；三列强制数值化。

输出文件

文件	内容
KM 曲线 600 dpi PNG + cairo PDF	曲线 + log-rank p + 风险表
Cox 森林图 600 dpi PNG + PDF	分组 HR 与连续 marker HR
`group_summary.csv` / `risk_table.csv` / `stats_summary.csv`	分组统计 / 风险人数 / 检验摘要

配置

CONFIG 块 6 个核心变量：输入文件与 sheet、三列列名映射、（可选）MIN_PROP（默认 0.30）、配色、X 轴时间单位。

常见问题

未找到满足条件的阈值 / 某组人数为 0 → survminer ≥0.5 的 surv_categorize 返回字符列而非因子；模板已显式转 factor，勿回退。
ggforest ... 选择了未定义的列 → 建模列必须有稳定列名（模板用 expression_group），勿在公式里用 df[[col]] 内联取列。
图中中文乱码 → cairo_pdf 已嵌字体；若仍乱码改 family="sans" 或用英文标签。
截点方法被审稿人质疑 → 模板用 maxstat（surv_cutpoint）而非遍历最小 p 值；但仍需在方法学部分声明，并尽量做外部验证（见上方警示）。

生存曲线（KM + Cox） ​

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输入格式 ​

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配置 ​

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