系统发育树绘图（treefile + 注释 → 发表级图）
一句话：Newick 树文件 + 注释 CSV 进，600 dpi 发表级注解进化树出——ggtree 模板：中点生根、枝干按分组着色、任意多环注释自动配色、独立图例网格。
获取本技能 · Get this skill
方式 A —— 一键引导 prompt（推荐）。复制下面这段，粘贴到你的 AI agent IDE：
请帮我安装 Claw2Bio 技能库中的 "phylo-tree-plot" 技能：
1. 从 GitHub 仓库 https://github.com/claw2bio/claw2bio 只拉取 bioinformatics/phylo-tree/phylo-tree-plot
这一个文件夹（用 sparse checkout，不要克隆整库）。
2. 阅读其中的 SKILL.md 并注册该技能。
3. 运行 examples/ 里的示例验证环境，把输出的图给我看。方式 B —— 独立 zip 包（约 0.4 MB，本站下载）：https://claw2bio.site/downloads/phylo-tree-plot.zip
方式 C —— 全量示例数据：已包含在方式 B 包内（同一个压缩包）。
它能做什么
输入一个 Newick 树文件（tip 标签 = 样本 ID，可直接用 phylo-tree-build 的产出）和一张注释 CSV（首列 SampleID，其余列任意分类注释），输出：中点生根的树、枝干按分组列着色、每个注释列一圈外环（自动配色渐变）、树下独立图例网格——600 dpi PNG + cairo 内嵌字体 PDF。
示例：phylo-tree-build 对 12 个公开 NCBI 基因组所建的树 + 物种元数据注释（含 contig 数分档环带），控制台锚点 tips: 12 | ring levels: …。
这是模板脚本，不是 CLI：把 scripts/plot_tree_template.R 拷到你的项目里，只改顶部 CONFIG (EDIT THIS BLOCK) 块——路径、GROUP_COL、RING_COLS、配色、布局（circular / rectangular）、几何尺寸。环数、配色、图例、导出全部自动适配；输入不匹配时 stopifnot 当场报错，绝不静默丢 tip。
快速上手（30 秒）
cd bioinformatics/phylo-tree/phylo-tree-plot
Rscript scripts/plot_tree_template.R换自己的数据：拷贝模板，在 CONFIG 块里设 TREEFILE 和 ANN_CSV，选好 GROUP_COL / RING_COLS，运行。
需要 Windows R ≥ 4.1（实测 4.5.2）及 ggtree / treeio / ggplot2 / ggnewscale / RColorBrewer / viridis / cowplot / phytools。
输入格式
- 树文件：Newick 格式，tip 标签 = 样本 ID。
- 注释 CSV：必须有表头；首列
SampleID与 tip 标签一一对应；只收分类值（连续值先分箱——每个不同值占一个配色）；无值的格子填-（画成灰色）。
输出文件
| 文件 | 内容 |
|---|---|
| 树图 PNG（600 dpi）+ cairo PDF | 带注释环和图例网格的成品图 |
| 各图例独立 PNG | 单独取用的小图例 |
REPORT.md | 逐文件产出说明 |
配置
CONFIG 块主要变量：TREEFILE / ANN_CSV / GROUP_COL（枝干着色列）/ RING_COLS（注释环列）/ LAYOUT（circular / rectangular）/ RING_GAP / RING_WIDTH / TREE_H_CM / FONT。
常见问题
stopifnot: all(tree$tip.label %in% ann$SampleID)→ SampleID 对不上——检查 FASTA 文件名主干与 CSV 首列。- 某环一整圈灰 → 该列全是无效值；或 gheatmap 丢了全 NA 的环，检查列名拼写。
- PDF 字体缺失（Arial） → cairo_pdf 已处理；非 Windows 系统把
FONT改成"sans"。 - 环太细 / 重叠 → 调大
RING_GAP/RING_WIDTH，或加大TREE_H_CM。 - 某列取值超过约 30 种 → 配色不可读，先分箱或丢弃该列。