技能总览

所有技能都是实验室实战验证的固定脚本，采用标准 SKILL.md 格式封装。 点击任意技能查看中文教程与一键安装 prompt（英文教程筹备中）。

🧪 实验数据处理

技能	功能
qPCR mRNA（ΔΔCt）	原始 Ct 表 → 相对表达量，每个靶标一张图
qPCR mtDNA 拷贝数	ND1/ND5 + B2M/POLG 配对，Mean copy number

🧬 生信数据分析

进化树

技能	功能
进化树 · 建树	基因组 FASTA → bcgTree → IQ-TREE2 树文件（WSL2）
进化树 · 绘图	树文件 + 注解表 → 发表级 ggtree 图

单细胞测序

技能	功能
单细胞 RNA-seq	原始矩阵 → QC → Harmony → 聚类 → UMAP → marker → SingleR 注释
单细胞拟时序	monocle3 轨迹/拟时序（需常规管线的 annotated_seurat.rds）
单细胞虚拟敲除	scTenifoldKnk 计算机模拟基因敲除

RNA-seq分析

技能	功能
Bulk RNA-seq 差异分析	counts → QC → DEG，引擎自动分叉（limma-trend/DESeq2/edgeR+voom）
富集分析（GO/KEGG/Reactome）	GO/Reactome 离线，KEGG 在线+缓存兜底
基因表达对比图	单基因跨组 / 组内两基因，t-test / ANOVA+Tukey
GSEA	fgsea + MSigDB GMT，Entrez/symbol 自动转换

📈 图表生成

技能	功能
分组柱状图	宽表 CSV → 300 dpi 带统计标注柱状图
临床统计表	一套管线复现论文全套 10 张表：基线 / Firth / 基因型交叉 / 单因素
生存分析曲线	最优截点 KM 曲线 + 风险表 + Cox 森林图