系统发育树构建（FASTA → 核心基因组 ML 树）

一句话：一目录细菌基因组 FASTA 进，Newick 树文件出——bcgTree 核心基因拼接比对 + IQ-TREE2 最大似然建树（自动选模 + 1000 次超快自举），可选 parsnp 分组子树。

获取本技能 · Get this skill

方式 A —— 一键引导 prompt（推荐）。复制下面这段，粘贴到你的 AI agent IDE：

请帮我安装 Claw2Bio 技能库中的 "phylo-tree-build" 技能：
1. 从 GitHub 仓库 https://github.com/claw2bio/claw2bio 只拉取 bioinformatics/phylo-tree/phylo-tree-build
   这一个文件夹（用 sparse checkout，不要克隆整库）。
2. 阅读其中的 SKILL.md 并注册该技能。
3. 运行 examples/ 里的示例验证环境，把输出的图给我看。

方式 B —— 独立 zip 包（约 19 MB，本站下载）：https://claw2bio.site/downloads/phylo-tree-build.zip

方式 C —— 全量示例数据（约 31 MB，本站下载）：https://claw2bio.site/downloads/phylo-tree-build-examples.zip

它能做什么

输入一个目录的基因组组装文件（*.fasta，一个菌株一个文件，文件名主干即样本 ID），脚本来自一项已发表的 67 株 CRE 研究的实战流程，分四步（每步一个模板脚本）：bcgTree 拼接核心基因比对 → IQ-TREE2 -m MFP -B 1000（ModelFinder 自动选模 + 1000 次超快自举）建主树 → 可选 parsnp + IQ-TREE2 按组建子树。输出 main_tree/total_iqtree.treefile（Newick）及拼接比对文件。

系统发育树示例

说明：建树本身只产树文件，此图是配套技能 phylo-tree-plot 用本技能对 12 个公开 RefSeq 基因组（4 Escherichia / 4 Klebsiella / 2 Enterobacter / Citrobacter / Serratia）产出的 treefile 绘制的。

快速上手（30 秒）

环境前提：Windows 上需要 WSL2 + Ubuntu 24.04，按截图教程配置 → docs/wsl-setup.md。

在 WSL Ubuntu 内按顺序执行：

bash

cd bioinformatics/phylo-tree/phylo-tree-build/scripts
bash 00_bootstrap_ubuntu.sh        # 一次性：装 iqtree2/mafft + conda 环境 bcgtree
python3 patch_bcgtree_gblocks.py   # 一次性：修 bcgTree↔Gblocks 命名 bug
bash 01_run_bcgtree.sh             # 约 10 分钟 / 12 个基因组
bash 02_iqtree_main.sh             # → main_tree/total_iqtree.treefile
bash 03_parsnp_subtrees.sh         # 可选：分组子树（需两列 SampleID,Group CSV）

换自己的数据不用改脚本，用环境变量覆盖路径即可： SRC_IN=/path/to/input SRC_OUT=/path/to/output bash 01_run_bcgtree.sh

输入格式

一个目录，每个菌株一个 *.fasta，文件名主干 = 样本 ID（也是后续注释 CSV 的 SampleID）。
可选两列 SampleID,Group CSV 用于 parsnp 分组子树。

输出文件

文件	内容
`main_tree/total_iqtree.treefile`	Newick 主树（ML 骨架 + 1000 UFBoot 支持率）
`main_tree/full_alignment.concat.fa`（+ `.partition`）	核心基因拼接比对（供自定义重跑）
`subtrees/<Group>.treefile`	可选的 parsnp 分组子树
`REPORT.md`	逐文件产出说明

配置

模板脚本只改头部 EDIT-THIS 变量（WORK 工作目录、路径等）。两条黄金规则：

工作目录必须纯 ASCII——bcgTree/Perl 遇到非 ASCII 路径即崩；脚本默认把基因组复制到 ~/phylo_work 里跑，结果再拷回。
路径自动定位——脚本相对自身解析示例输入输出，在任何机器任何目录都能跑。

常见问题

bcgTree 报 Fasta::Parser ... .aln-gb → 漏跑了一次性的 patch_bcgtree_gblocks.py，补跑即可。
bcgTree 秒崩、路径报错 → WORK 路径含中文/非 ASCII 字符，换 ~/phylo_work 或 /mnt/d/... 纯 ASCII 路径。
parsnp 段错误 → 某些 bioconda 构建的已知问题；子树是可选的，跳过第 3 步或换 parsnp 构建版本。
IQ-TREE 内存不足 → 降低 -nt 或减少基因组数；12 个基因组实测 < 4 GB。
国内 apt/conda 很慢 → 换国内镜像（docs/wsl-setup.md 第 4 节）。

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