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分组柱状图

一句话:宽表 CSV 进,发表级分组柱状图出——带误差线、散点和显著性标注。

获取本技能 · Get this skill

方式 A —— 一键引导 prompt(推荐)。复制下面这段,粘贴到你的 AI agent IDE:

请帮我安装 Claw2Bio 技能库中的 "barplot" 技能:
1. 从 GitHub 仓库 https://github.com/claw2bio/claw2bio 只拉取 figure-generation/barplot
   这一个文件夹(用 sparse checkout,不要克隆整库)。
2. 阅读其中的 SKILL.md 并注册该技能。
3. 运行 examples/ 里的示例验证环境,把输出的图给我看。

方式 B —— 独立 zip 包(约 0.6 MB,本站下载):https://claw2bio.site/downloads/barplot.zip

方式 C —— 全量示例数据:已包含在方式 B 包内(同一个压缩包)。

它能做什么

自动数出 CSV 的数值列数,选择对应的 2/3/4/5/6 组脚本,输出带均值、SD 误差线、抖动散点和统计标注(2 组 t-test;≥3 组 ANOVA + Tukey HSD)的 300 dpi PNG:

barplot 示例输出

快速上手(30 秒)

bash
cd figure-generation/barplot
pip install pandas numpy scipy matplotlib statsmodels
python scripts/run_barplot.py examples/input/data.csv

图会保存在输入 CSV 同目录,名为 data_barplot.png

输入格式

宽表——每列一个组,每行一个生物学重复:

csv
Ctrl,Stress
18533,13055
20650,10017
19467,21995

非数值列会被自动忽略。

输出文件

文件内容
<input>_barplot.png带统计标注的 300 dpi 分组柱状图

自定义

编辑所选脚本顶部:

python
FIGURE_NAME = 'ELISA'
Y_LABEL     = 'IFNβ (pg/mL)'
bar_colors  = [...]   # 默认 Wong 2011 色盲友好配色

备选配色(统计逻辑完全相同):barplot_2col_green_pink.pybarplot_3col_light.py

常见问题

  • 选错了脚本 → 检查是否有多余的非数值列;或直接调用指定脚本。
  • 标签被截断 → Y 轴会自动向上扩展;如需自定义范围,改脚本顶部的坐标轴设置。

相关链接

Lab-validated AI agent skills for biomedical research. 实验室实战验证的 AI agent 技能库。