qPCR mtDNA 拷贝数

一句话：ND1/ND5 线粒体 DNA 拷贝数分析——自动配对 B2M/POLG 核内参，统计和 300 dpi 出图一次完成。

获取本技能 · Get this skill

方式 A —— 一键引导 prompt（推荐）。复制下面这段，粘贴到你的 AI agent IDE：

请帮我安装 Claw2Bio 技能库中的 "qpcr-mtdna" 技能：
1. 从 GitHub 仓库 https://github.com/claw2bio/claw2bio 只拉取 experiment-data/qpcr-mtdna
   这一个文件夹（用 sparse checkout，不要克隆整库）。
2. 阅读其中的 SKILL.md 并注册该技能。
3. 运行 examples/ 里的示例验证环境，把输出的图给我看。

方式 B —— 独立 zip 包（约 0.1 MB，本站下载）：https://claw2bio.site/downloads/qpcr-mtdna.zip

方式 C —— 全量示例数据：已包含在方式 B 包内（同一个压缩包）。

它能做什么

读取包含 ND1 Ct、ND5 Ct、B2M Ct、POLG Ct 行的原始 Ct 表，计算

Mean copy number = (2^(B2M-ND1) + 2^(POLG-ND5)) / 2

自动统计（2 组 t-test；≥3 组 Tukey HSD）并绘制 300 dpi 柱状图：

qPCR mtDNA 示例输出

快速上手（30 秒）

bash

cd experiment-data/qpcr-mtdna
pip install pandas numpy scipy matplotlib
python scripts/run_mtdna.py examples/input/mtDNA-input.csv examples/output --name Figure18B --overwrite

预期输出：Figure18B.csv（含 ΔCt / 2^ΔCt / Mean copy number 列）和 Figure18B.png。示例数据 P = 0.986（ns）。

输入格式

csv

Target,Sample,Rep1,Rep2,Rep3
ND1 Ct,Ctrl,15.10,14.19,14.66
ND1 Ct,Treat,14.27,14.08,14.72
ND5 Ct,Ctrl,14.25,14.64,14.47
ND5 Ct,Treat,14.88,14.93,14.87
B2M Ct,Ctrl,22.99,22.40,22.53
B2M Ct,Treat,22.62,22.73,22.27
POLG Ct,Ctrl,22.14,22.53,22.43
POLG Ct,Treat,22.80,22.00,22.48

必须包含 ND1 Ct、ND5 Ct、B2M Ct、POLG Ct 四行。

输出文件

文件	内容
`<name>.csv`	原始 Ct + Delta Ct + 2^Delta Ct + Mean copy number
`<name>.png`	带统计标注的 300 dpi 柱状图

参数

参数	默认值	说明
`--name`	—	输出文件名前缀
`--y-label`	—	Y 轴标签
`--dpi`	300	PNG 分辨率
`--overwrite`	关	允许覆盖已有输出

整目录批量处理：python scripts/batch_mtdna.py <目录> --overwrite。

常见问题

提示缺少靶标行 → 输入必须正好包含 ND1 Ct、ND5 Ct、B2M Ct、POLG Ct（注意带 "Ct" 后缀）。
提示输出文件已存在 → 加 --overwrite。

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输入格式 ​

输出文件 ​

参数 ​

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